Sông Cái phát nguyên từ Hòn Gia Lê (cao 1.812 m), chảy qua các huyện Khánh Vĩnh, Diên Khánh và thành phố Nha Trang rồi đổ ra biển ở Cửa Lớn (Đại Cù Huân). Sông Cái Nha Trang có 7 phụ lưu, bắt nguồn ở độ cao từ 900 đến 2.000 m nhưng lại rất ngắn, thường dưới 20 km nên độ dốc rất lớn tạo nhiều ghềnh thác ở thượng lưu. Sông chảy đến thôn Xuân Lạc, Vĩnh Ngọc, TP.Nha Trang thì chia làm 2 nhánh:
Một nhánh chảy theo hướng Đông-Nam, men theo chân núi Đồng Bò, chảy xuống Trường Đông, Vĩnh Trường và chảy ra cửa biển Tiểu Cù Huân, gọi là Cửa Bé. Nhánh này hiện nay đã bị lấp, chỉ đến mùa nước lũ, dòng chính mới hiện rõ.
Tàu đưa khách tham quan sông Cái
Hiện nay, sông Cái là tuyến tham quan thú vị dành cho du khách thích khám phá những nét hoang sơ, đồng quê. Dọc theo hai bờ sông Cái du khách còn được tham quan những nhà cổ hàng trăm năm, những làng nghề thuyền thống như làng chiếu, làng lò,...những nhà hàng ven sông lãng mạn.